特殊 Input File 寫法

• Transition state

  • opt=(ts,calcfc,noeigentest)

  • opt=(ts,calcall,noeigentest)

  • opt=(rcfc,ts,noeigentest)

  • opt=(readfc,ts,noeigentest)

    後二：讀已知 Freq 檔的 force constant 可縮短尋找更高階 TS 的時間

• IRC

  • IRC=(rcfc,stepsize=n,maxpoint=m)

    • m,n 值可視情況需要而調整數值，但須注意 Gaussian view 只能看到 100 個點

    也就是當同時往兩個方向跑IRC時，m值必須小於50

    　

  • IRC=(restart,rcfc,stepsize=n,maxpoint=m+k)

    • 接續已完成卻還未看見產物的IRC繼續往下跑，k就是想要再增加多跑的點數

  • IRC=(forward,rcfc,stepsize=n,maxpoint=m)

  • IRC=(reverse,rcfc,stepsize=n,maxpoint=m)

    • 只跑單邊的IRC

• Charge distribution

  • pop=(CHelpG,NBO) density=MP2

• Contour Plot 做法(以FArO-為例子)

  cube 的功用為建立三度立體空間模型,舉凡 volume, electron density, orbital, electrostatic potential, 皆可

  以下是 electron density 的示範

  1. 先準備好經過結構最佳化之後的座標值

  2. 準備好rcube目錄    

  140.123.76.230   /home/irene/contourplot/rcube

  3. Inputfile:

     %mem=100mw
     %chk=FArO-
     #mp2/aug-cc-pvdz Density=mp2 cube=(density,full,card)
     
     FArO-
     
     -1 1
     9      0.000000 0.000000 -2.082128
     8      0.000000 0.000000  1.917811
     18     0.000000 0.000000  0.188703
     
     FArO.cube____________檔名
     -1,0.0,-2.5,-4.4_____單位,座標 原點 (1Å ~1.88 bohr)
     1,0.05,0.0,0.0_______間距0.05Å  跑1個點 (定 X 軸為零放分子在 YZ 平面)
     110,0.0,0.05,0.0______間距0.05Å 跑110個點等於5.5Å
     180,0.0,0.0,0.05_____間距0.05Å 跑180個點等於9.0Å

     原點座標參考 Opt 座標值設定, 再依實際分子大小決定要跑的點數多寡

     (在工具書 Gaussian 03 P.287 288有詳細解釋各設定參數的意義)

     cube=(density,full,card)

     density means that compute the density values only (without volume or orbitals)

     full means that evaluate the density including all electrons

     card means that read grid specification from the input stream

  4. g03 FArO-.com &

     產生 FArO-.cube

  5. run rcube, 輸入FArO-.cube

     產生cube.out,此檔案會被重複覆蓋要小心複製保存

     0.00000 -4.72431 0.00000 0.10157E-04
     0.00000 -4.72431 0.09449 0.11437E-04
     0.00000 -4.72431 0.18897 0.12840E-04
     0.00000 -4.72431 0.28346 0.14373E-04
     0.00000 -4.72431 0.37794 0.16042E-04
     0.00000 -4.72431 0.47243 0.17853E-04
     0.00000 -4.72431 0.56692 0.19812E-04
     0.00000 -4.72431 0.66140 0.21923E-04
     0.00000 -4.72431 0.75589 0.24191E-04
     0.00000 -4.72431 0.85037 0.26619E-04
     
     ....etc

     前三列為 x,y,z 座標軸,第四列為電子密度值

  6. 以適當軟體(excel)開啟cube.out,將完全不變或是為零的縱行剔除,複製餘下的三行座標

  因為我們只需要平面二度空間的作圖,所以將固定不變的一行座標軸給剔除掉

  7. 將複製的座標貼上SigmaPlot,選擇Contour作圖

  詳細操作於 SigmaPlot 8 工具書 p.308~316

  8. 點選圖形兩下,選擇 Graph Properties->Plot->Scale->Log(common)

  Line or Log(common) : scal type 單位不同,後者以十為底取對數,能觀看細部變化,

  同時也是較常用的單位.

  9. 調整圖形座標使圖形完整顯現

  
  點選圖形兩下

  Axes->Scaling->調整圖座標

  Plots->Scale->Range->調整圖形