與Windows、Mac OS、Android 等操作系統不一樣，它們都由一家公司開發，所有的核心軟體和基礎庫都由一家公司開發。而Linux 不一樣，它是由多個組織機構開發，不同的組織機構為了發展自己的Linux 分支可能會開發出功能類似的軟件，它們各有優缺點，用戶可以自由選擇。Shell 就是這樣的一款軟件，不同的組織機構開發了不同的Shell，它們各有所長，有的佔用資源少，有的支持高級編程功能，有的兼容性好，有的重視用戶體驗。
✓ sh 的全稱是Bourne shell，sh UNIX上的標準shell，sh是第一個流行的Shell。
✓ csh，這個shell 的語法有點類似C語言，所以才得名為C shell ，簡稱為csh。
✓ tcsh 是csh的增強版，加入了命令補全功能。
✓ ash是一個簡單的輕量級的Shell，佔用資源少，適合運行於低內存環境，但是與下面講到的bash shell 完全兼容。
✓ bash 擴展了一些命令和參數，同時保持了對 sh 的兼容性，是各種Linux 發行版默認配置的shell。
Shell 是一個程序，一般都是放在/bin或者/user/bin目錄下，當前Linux 系統可用的Shell 都記錄在/etc/shells文件中。 通過cat /etc/shells命令來查看當前Linux 系統的可用Shell：
# cat current available shells
/work/kai> cat /etc/shells
/bin/ash
/bin/bash
/bin/csh
/bin/dash
/bin/false
/bin/ksh
/bin/ksh93
/bin/mksh
/bin/pdksh
/bin/sh
/bin/tcsh
/bin/true
/bin/zsh
/usr/bin/csh
/usr/bin/dash
/usr/bin/ksh
/usr/bin/ksh93
/usr/bin/mksh
/usr/bin/passwd
/usr/bin/pdksh
/usr/bin/bash
/usr/bin/tcsh
/usr/bin/zsh
如果要查看當前Linux 的默認Shell，那麼可以輸出 echo $shell：
# Enter echo $shell
/work/kai> echo $shell
/bin/tcsh
若是每一個 input file 都手動更改或跑 g16 會花很多時間， 所以可以撰寫 sh 幫助計算。以下舉例一些簡單、計算可以用的 sh 檔， 詳細的檔案請到學長姊的路徑查看：
若想執行當前目錄下所有的 input files (.com/.gjf)，可用此 Shell，以 input file = .gjf 為例：
#!/bin/bash # 宣告這個檔案內的語法使用 bash
#
#
ls *.gjf > Run.dat
g16_file=$(cat Run.dat)
for file in ${g16_file}
do
g16 ${file} &
wait
done
#
當計算完，可用此 Shell 檢查波函數 (stable/stable=singlet)，以 stable=singlet 為例：
#!/bin/bash
#
#
ls *.gjf > singlet.dat
sed -i 's/\.gjf//g' singlet.dat
g16_file=$(cat singlet.dat)
mkdir -p singlet
cd singlet
for file in ${g16_file}
do
cp ../${file}".chk" ${file}"_singlet.chk"
cp ../${file}".gjf" ${file}"_singlet.gjf"
wait
if [[ ${file} == *'MP2'* ]]; then # Hartree-Fock calculation 檢查波函數用 HF
sed -i '4 s/MP2/HF/' ${file}"_singlet.gjf"
elif [[ ${file} == *'B3LYP'* ]]; then # DFT calculation 檢查波函數保持
sed -i '4 s/B3LYP/B3LYP/' ${file}"_singlet.gjf"
fi # 因我只用 MP2 and B3LYP 所以只列出兩個條件句 可自行新增
wait
sed -i 's/opt.*freq/stable=singlet guess=read geom=allchk/' ${file}"_singlet.gjf"
wait
sed -i '4a \\' ${file}"_singlet.gjf"
wait
sed -i '7,$d' ${file}"_singlet.gjf"
wait
g16 ${file}"_singlet.gjf" &
wait
done
#
若已用較低的理論方法或基底函數做過結構最佳化，想將其結構以其他方法計算，可用此 shell。
以下舉例將 MP2/aug-cc-pVDZ 最佳化結構，進行 MP2/aug-cc-pVTZ opt 計算，注意 Ar and Xe 須加 diffuse function，
因此須寫條件句進行計算：
template (模板)
#!/bin/bash
#
#
ls *.com > MP2_aptz.dat
sed -i 's/\.com//g' MP2_aptz.dat
g16_file=$(cat MP2_aptz.dat)
mkdir -p MP2_aptz
cd MP2_aptz
for file in ${g16_file}
do
cp ../${file}".chk" ${file}".chk"
wait
if [[ ${file} == *'He'* ]] || [[ ${file} == *'Ne'* ]] || [[ ${file} == *'Kr'* ]]; then
cp /work/kai/NobleGas/template_MP2_pVTZ.com ${file}".com"
elif [[ ${file} == *'Ar'* ]]; then
cp /work/kai/NobleGas/Ar_template_MP2_pVTZ.com ${file}".com"
elif [[ ${file} == *'Xe'* ]]; then
cp /work/kai/NobleGas/Xe_template_MP2_pVTZ.com ${file}".com"
else
echo " ${file} ERROR! "
fi
wait
sed -i '4 s/freq/freq geom=allchk/' ${file}".com"
wait
sed -i 's/notdf/O C N/g' ${file}".com"
wait
sed -i '3 s/FileName/'${file}'/' ${file}".com"
wait
sed -i 's/pVDZ/pVTZ/g' ${file}".com"
wait
rename pVDZ pVTZ *
wait
done
sh /work/kai/run_com.sh &
wait
rm /work/kai/run_com.dat
echo "Done"
#
若為常用的 Shell 可將其放置在自己的 /work/ 並且搭配 alias 以便使用，以寫有 echo "test" 的 test.sh 為例：
/work/kai> sh test.sh
test
/work/kai> cd
/home/kai> vi .tcshrc
/home/kai> cat .tcshrc
#!bin/tcsh
cd /work/kai
alias t "sh /work/kai/test.sh"
/home/kai> source .tcshrc
/work/kai> t
/work/kai> test
幾種常見的Shell：sh、bash、csh、tcsh、ash
Rename all files in directory from $filename_h to $filename_half?